該当の販売オーダーに「作成中」の出荷データが存在する場合はバーコード入庫時に納品書が出力されない場合があります。
他にも出力されないケースについては操作マニュアル Appendixで確認できます。

出荷番号から出荷のページに入り、左上にある「自SC 出荷」を「自拠点出荷」にすると印刷ボタンが出てきます。

　納品書・出庫票の再印刷方法について

Appendix　納品書・出庫票の再印刷